Entre junho de 2018 e fevereiro de 2020, um mangá de GeGeGe no Kitarō ilustrado por Shigenobu Matsumoto foi publicado na revista bimestral CoroCoro Comics.[1]
O mangá foi serializado concomitantemente com a exibição do anime de 2018. Shigenobu Matsumoto, conhecido por ser ilustrador do mangá Duel Masters, é um fã assumido de GeGeGe no Kitarō, declarando Shigeru Mizuki como um grande influenciador do seu trabalho.[1]
Kitarō tem um companheiro humano chamado Yūta, em referência ao personagem de mesmo nome do anime. Algumas histórias são releituras dos capítulos da Shōnen Magazine, enquanto outras são enredos originais com yōkai nunca introduzidos antes.